Para el desarrollo y funcionamiento de la Universidad Autónoma de Chiriquí, está estructurada de la siguiente manera:
Unidades de Apoyo a la Rectoría:
Unidades de apoyo a la Vicerrectoría Académica
Unidades de apoyo a la Vicerrectoría de Investigación y Posgrado:
Unidades de apoyo a la Vicerrectoría Administrativa:
Unidades de apoyo a la Vicerrectoría de Asuntos Estudiantiles
Unidades de apoyo a la Vicerrectoría de Extensión