La extensión universitaria de Boquete nace como una unidad académica de la Universidad Autónoma de Chiriquí en 1998, con el fin de atender las necesidades de formación a nivel superior en la zona. A lo largo de los años se ha buscado crecer, al ofertar más opciones académicas y mejores condiciones físicas para la población educativa, siendo hoy una unidad académica con terrenos e instalaciones propias, logrando así mejorar el ambiente para sus alumnos, docentes y administrativos.
En 2008, en la búsqueda de satisfacer las necesidades educativas, la Extensión Universitaria de Boquete, se expande hasta el distrito de Gualaca, dando apertura a la Subsede en esa comunidad, ofertando algunas de las carreras que se ya impartían en la Extensión.