La bandera de la Universidad Autónoma de Chiriquí fue creada a través de un concurso, donde la ganadora Carmen Chen diseñó un semi-círculo rojo con 13 estrellas de fondo, representando las 10 facultades, los 3 centros regionales y la extensión en boquete. Además se anexó un borde verde y las siglas de la Universidad “UNACHI” y el nombre de nuestro país “Panamá”. El diseño de la bandera fue modificada y aprobada por el Consejo Académico nº19 del 2 de septiembre de 2014.
Todos los componentes que conforman el diseño de la bandera expresan la vanguardia y el progreso de nuestra institución.