Los objetivos generales del Instituto de Derechos Humanos son los siguientes:
Promover la investigación sobre derechos humanos, cultura ciudadana y democracia desde una perspectiva multidisciplinaria que involucre diferentes facultades para el fortalecimiento del sector gubernamental, gobiernos locales y la participación ciudadana.
Brindar información que permita planes de acción innovadores para la protección de los Derechos Humanos como complemento a la democratización en la vida social.
Desarrollar programas de docencia y especialización sobre las áreas programáticas definidas del Instituto con miras a fomentar el perfeccionamiento de los funcionarios relacionados con el sector gubernamental, entidades privadas, profesionales y ciudadanía en estos temas.
Fomentar la divulgación del proceso de descentralización desde la perspectiva de los Derechos Humanos, la ciudadanía y la democracia para la profesionalización de los funcionarios de Gobiernos Locales y la participación ciudadana.